一、生物分解

通常鱼缸中有鱼屎是不用处理的，缸内的异养菌会将其分解，分解后产生的氨氮则会被硝化细菌[硝化细菌 ( Nitrifying bacteria ) 是一类好氧性细菌，包括**酸菌和硝酸菌。]吸收，从而转化为硝酸盐[硝酸HNO3与金属反应形成的盐类。]，而硝酸盐则是水生植物[能在水中生长的植物，统称为水生植物。]的养分。但这一切发生的条件是缸内的硝化系统建立完成，否则的话还是需要其它的清理方法。

二、加强过滤

鱼缸中一般都需要安装过滤器[过滤器（filter）是输送介质管道上不可缺少的一种装置，通常安装在减压阀、泄压阀、定水位阀 ,方工过滤器其它设备的进口端设备。]，过滤器可以很好的清除水中的污物，只要缸内的水流达标，鱼屎以及残饵等都会被过滤器的吸水口吸走。不过，强大的过滤也不是万能的，如果水循环[水循环是指地球上不同的地方上的水，通过吸收太阳的能量，改变状态到地球上另外一个地方。]除了问题，比如出现溢流，鱼屎的动向就是漂浮不定了。

三、换水捞出

如果缸内的过滤能力不强，这就需要人工将鱼屎清理掉了，一般在换水的时候进行。用一根管子伸到缸底，用虹吸法将缸底的是抽出，这样就能带走部分污物，之后从缸壁处兑入新水就可以了。需要注意的是，换水不能太勤，水量也不能太大。

四、养清道夫

养清道夫其实并不是处理鱼屎的最佳选择，虽然它确实吃，但它也会有排泄，所以一样会污染水质。除了这种鱼之外，还可以考虑鼠鱼、罗氏虾等，这些水生动物[水生动物（aquatic animal）是指主要在水中生活的动物。]都会吃掉鱼屎，不过它们的排泄物[排泄物指一生物的消化系统中任何排泄的固体或液体，通常指人类的。]也需要清理。