一、分类不同
鱼的早期分类中,主要分为两纲,一个是硬骨鱼[鱼类是最古老的脊椎动物。]纲,另一个是软骨鱼[软骨鱼纲(Chondrichthyes)或鲨纲(Selachii)所有鱼类的通称,包括鲨、鳐、魟和银鲛。]纲,后来又加入了圆口纲,但后者的结构和人们认知的鱼类不太一样,所以前面两种被合称为真鱼。硬骨鱼又分为两个亚纲[亚纲是生物分类法中的一级,它位于纲和目之间。],分别是肉鳍亚纲和辐鳍亚纲,而软骨鱼则分为板鳃亚纲和全头亚纲。
二、骨头不同
无论是硬骨鱼还是软骨鱼,它们的外形特征都大同小异[异:差异。],但骨头却大不相同。硬骨鱼中的部分或全部骨骼已经骨化为硬骨质,鳞片为骨质板状,头骨还有接缝。而软骨鱼的骨头完全由软骨组成,虽然会钙化,但并没有真骨组织[骨组织(osseous tissue)是一种坚硬的结缔组织,也是由细胞、纤维和基质构成的。]。这类鱼的外骨骼[外骨骼是一种能够提供对生物柔软内部器官进行构型,建筑和保护的坚硬的外部结构。]不发达,有的甚至退化,身体表面为盾鳞。
三、特征不同
硬骨鱼的鳃间隔退化了,同时具有鳃盖骨,尾鳍为正尾型,上下是对称的,内部的尾椎末端向上翘起。另外大多数硬骨鱼有鱼鳔[硬骨鱼类,大多数都有鳔。],可以调节身体比重,从而更好的上浮和下沉。软骨鱼的尾鳍为歪尾型,有的甚至呈鞭状,鳃裂会单独外露,而且没有鱼鳔,不过其肝部肥大,可以调节身体比重。