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《黄帝内经》说：“以痛为腧”，意思是说当人有了疾病以后在人体的体表总会出现一些压痛点，按压或针灸这些压痛点，可以诊断和治疗有关脏器的疾病。以此方法发现了人体穴位。
唐代的大医学家孙思邈在他的著作《千金要方》卷二十九中说：“吴蜀多行灸法，有阿是之法，言人有病痛，即令捏其上，若里当其处，不问孔穴，即得或快或痛处，即云阿是，灸刺皆验，故曰阿是穴。”
相传古时医生为病人治病，一直在摸索治病的方法。偶尔无意中按到病者某处，病者的痛症得到舒缓。后来医者再遇见病人就在其身体的部位进行按压，直到病人呼喊“啊！是这里，是这里了。”于是在病人有压痛或感觉异常的部位按压或者针刺、灸疗，果然使病情转好。于是根据病人喊声将这些穴位命名为“阿是穴”，阿是穴又称为“天应穴”。
内观说：
内观说也就是古人所说的内景反照，李时珍在其所著的《奇经八脉考》一书中强调：“内景隧道，唯返观者能照察之。道家修行之人长于炼丹、打坐和内照，但是能否如此系统的发现人体的几百个穴位和十几条经络依然存疑！
到了近代，许多人从穴位的电学特性去探索它的本质。
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